AIVC InsightAI 虚拟细胞情报站
栏目 04 · DATA & BENCHMARKS

数据与基准

「观测数据学相关,干预数据学因果」——数据军备赛已全面转向大规模扰动数据。

关键数据集DATASETS

数据集

Tahoe-100M

1 亿细胞 × 1100 药物 × 50 细胞系,CC0 开源、数月下载近 10 万次;正迈向 10 亿细胞专有数据集(单一合作伙伴模式)。

2025-02 · Tahoe Therapeutics
数据集

Arc Virtual Cell Atlas

汇集超 3.5 亿细胞,含 Tahoe-100M 与 AI 策展的 scBaseCamp(2.3 亿细胞、21 物种、72 组织)。

2025-02 · Arc Institute
数据集

CZI Billion Cells Project

联合 10x Genomics 与 Ultima 生产 10 亿细胞扰动数据;与 NVIDIA 合作 PB 级 GPU 加速;CZI 五年 5 亿美元承诺。

2025-02 启动 · CZI
数据集

X-Atlas / Pisces

Xaira 自建扰动图谱:2560 万细胞、16 种生物背景的全基因组 CRISPRi Perturb-seq,X-Cell 模型的训练基座。

2025-06 / 2026 · Xaira
数据集

Replogle Perturb-seq

首个全基因组 CRISPRi Perturb-seq(>250 万细胞),K562/RPE1 数据成为扰动预测模型事实标准评测集。

2022-07 · Cell
数据集

Emerald Bay

Tahoe 2026-06 发布的约 200 万细胞表型 + 转录组联合数据集,配套 Rhaister 扰动响应模型。

2026-06 · Tahoe

评测体系BENCHMARKS

基准

Virtual Cell Challenge(VCC)

Arc Institute 主办,对标 CASP。2025 首届:预测 H1 人胚胎干细胞 300 个 CRISPRi 扰动响应,指标 DES / PDS / MAE;114 国 1200+ 团队,计划每年举办。

Arc Institute · 每年一届
基准

PerturbQA

衡量模型扰动知识推理能力的问答基准;CZI 推理模型 rbio1 达 F1 0.74–0.79,超越 SUMMER 等基线。

2025 · CZI
基准

Cell-Eval

Arc 随 STATE 发布的生物学导向评估框架,强调以生物学家关心的指标(差异基因、通路)而非纯统计指标评判模型。

2025-06 · Arc Institute
批评性基准

线性基线对照(Nature Methods 2025)

EMBL 团队的基准设计:任何扰动预测模型必须先证明优于「预测训练集均值」与简单可加线性模型——目前无模型在所有指标上稳定达标。

2025-08 · Nature Methods
批评性基准

零样本评测(Genome Biology 2025)

Microsoft Research 团队的严格零样本协议:Geneformer / scGPT 在聚类与批次校正上常不如高变基因 + scVI / Harmony 传统流程。

2025-04 · Genome Biology
观察

75% 阈值说

Arc CTO David Burke:扰动预测准确率约 75% 才能让生物学家免于湿实验验证;当前 STATE 约 40–60%——"阈值在接近但尚未到达"。

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