AIVC InsightAI 虚拟细胞情报站
2026 年 10 月 · 第 1 期
栏目 07 · MODEL TIMELINE

模型谱系

2022 → 2026 单细胞与虚拟细胞模型演进时间线。训练规模从 3000 万细胞攀升至 3.5 亿图谱时代,架构从 BERT 式掩码走向扩散语言模型与世界模型。论文详情见文献库。

学术机构 CZI 系 Arc Institute 企业 中国团队
2022

scBERT

中国团队腾讯 AI Lab · Nature Machine Intelligence

首个 BERT 式单细胞语言模型,开创细胞类型注释的预训练范式。

2023.05

Geneformer

学术机构Broad / MGH · Nature

约 3000 万细胞预训练,in silico 扰动发现心肌病候选靶点并经湿实验验证——「虚拟实验」概念首次兑现。

2023.11

UCE

学术机构Stanford · bioRxiv

6.5 亿参数、8 物种,蛋白嵌入 token 化基因,跨物种零样本嵌入。

2024.02

scGPT

学术机构多伦多大学 Bo Wang 团队 · Nature Methods

3300 万细胞 GPT 式生成预训练,单细胞多组学基础模型代表作;作者后被 Xaira 招致麾下。

2024.06

scFoundation

中国团队清华 × 百图生科 · Nature Methods

1 亿参数、5000 万细胞、测序深度感知;其骨干改造后赢得 VCC 2025 冠军。

2024.10

GeneCompass

中国团队中科院「指南针联盟」 · Cell Research 封面

1.26 亿跨物种细胞,知识增强路线;后孵化百曜科技。

2024.11

AIDO 家族开源

企业GenBio AI

AIDO.DNA(70 亿参数/796 物种)、AIDO.RNA(16 亿)、GB.Cell——多尺度「数字有机体」拼图的第一批模块。

2024.12

Cell 纲领文发布

里程碑Bunne / Regev / Quake / Leskovec 等 40+ 作者

《How to Build the Virtual Cell with AI》确立 AIVC 框架,领域自此有了共同纲领。

2025.04

TranscriptFormer / C2S-Scale 27B

CZI 系 + Google × 耶鲁

CZI 跨 12 物种 1.12 亿细胞生成式模型;Google 把 Cell2Sentence 扩到 270 亿参数,AI 假设首获湿实验确证。

2025.06

STATE

ArcArc Institute · bioRxiv

1 亿+扰动细胞训练,扰动判别提升 >50%;同月 Arc 发起 Virtual Cell Challenge。

2025.08

GREmLN / rbio1

CZI 系CZI · bioRxiv

图调控网络注入注意力(仅 1030 万参数以小博大)+ 软验证训练的科学推理 LLM——架构创新替代堆参数的拐点。

2025.12

VCC 2025 揭晓

Arc冠军:百图生科 xTrimoSCPerturb

114 国 1200+ 团队;官方坦言无模型全面超越简单基线——领域进入证据驱动阶段。

2026.03

X-Cell

企业Xaira · bioRxiv

49 亿参数扩散语言模型,2560 万扰动细胞训练,Pearson Δ 最高提升 5 倍,首报幂律 scaling。

2026.08

AIDO Cell 世界模型

企业GenBio AI · Cell

全球首个全细胞世界模型:多尺度、有状态,可串行运行干预序列观察累积效应。

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下一站:75% 阈值

观察

Arc CTO 的标尺:扰动预测准确率达约 75%,生物学家才能免于湿实验验证。当前最优约 40–60%。谁先跨过,谁定义下一个十年。